从台湾方面来看，如果说李登辉与日本还有一些“历史渊源”的话，那么陈水扁与日本则只有赤裸裸的利益关系。陈水扁与日本的利益关系，是极端不平等的关系，即日本完全把台湾作为其对华政策的筹码，而陈水扁则力图把日本做为其搞“台独”、搞分裂的又一个外部保护者、支持者。所以，陈水扁“执政”八年的“日台关系”，看似“紧密”，实际却是陈水扁卑躬屈膝，一味讨好日本，甚至不惜出卖台湾的核心利益。所以，经过陈水扁执政的八年，已经形成了台湾完全从属于日本利益和政策的“日台关系”模式。马英九“执政”后，处理“日台关系”，其实并没有所谓的反日立场和政策，他的相关作为只是试图在“日台关系”中，更有效地争取和维护台湾利益。
